Πρώην του ΠΑΟΚ συνεχίζει στη β’ κατηγορία της ΕΠΣ Καβάλας

Όπως αναφέρει η σχετική ανακοίνωση:

Ο Γιάννης Μυστακίδης γεννήθηκε στις 7 Δεκεμβρίου 1994 στην Θεσσαλονίκη και έκανε τα πρώτα του ποδοσφαιρικά βήματα σε ακαδημίες της Πιερίας. Το 2010 φεύγει στο εξωτερικό και εντάσσεται στις ακαδημίες της Χόφενχαϊμ στη Γερμανία, ενώ ακολουθούν η Μάνχαϊμ και η Φράιμπουργκ. Ένας τραυματισμός τον πάει πίσω κι όταν αποθεραπεύεται αποφασίζει την επιστροφή του στην Ελλάδα. Το 2014 υπογράφει στον ΠΑΟΚ, ο οποίος τον παραχωρεί δανεικό στον Πιερικό, με τον οποίον έχει 24 συμμετοχές και 3 γκολ στην Football League, επίδοση που του δίνει την ευκαιρία στον δικέφαλο.

Τη σεζόν 2015-16 κάνει 31 συμμετοχές και 5 γκολ με τον ΠΑΟΚ σε όλες τις διοργανώσεις και συνεχίζει στην Τούμπα έως το Δεκέμβριο του 2017, έχοντας 33 συμμετοχές και 6 γκολ. Στις 2 Απριλίου στον αγώνα με την ΑΕΛ αποχωρεί τραυματίας και μια ημέρα αργότερα χειρουργείται για την αντιμετώπιση ρήξης χιαστών συνδέσμων που τον κράτησε εκτός γηπέδων για 6 μήνες.

Στις 19 Δεκεμβρίου 2017, ο μεσοεπιθετικός του ΠΑΟΚ επιστρέφει και με την ομάδα του ΠΑΟΚ φτάνει ως την κατάκτηση του κυπέλλου Ελλάδας την σεζόν 2016-2017. Στις 31/1/2018 ακολουθεί μια περίοδος δανεισμών με τον Γιάννη Μυστακίδη να φοράει τις φανέλες των Παναθηναϊκού, ΠΑΣ Γιάννενα, Γκούρνικ Ζάμπζε, Βόλου ΝΠΣ και Ντε Χράαφσχαπ.

Το συμβόλαιό του με τον ΠΑΟΚ λήγει και τον Ιανουάριο του 2021, ο Γιάννης Μυστακίδης υπογράφει στην Ξάνθη, στην προσπάθεια της Θρακικής ομάδας να ανέβει κατηγορία. Ακολούθως μετακινείται στην Βέροια με την οποία κατακτά το Πρωτάθλημα της Super League 2 ενώ τελευταίοι σταθμοί του ήταν ο Πανσερραϊκός και ο Καμπανιακός.